Farmakolodzy jako oddzielna grupa naukowców, którzy początkowo skupiali się w sekcji farmakologicznej przy Polskim Towarzystwie Fizjologicznym. Z sekcji tej w 1965 roku wyodrębniło się Polskie Towarzystwo Farmakologiczne. Powstało ono z inicjatywy kierowników i przedstawicieli poszczególnych placówek farmakologicznych z całego kraju. W marcu tego roku wyłoniono Komitet Organizacyjny- pod przewodnictwem prof. dr Piotra Kubikowskiego, którego celem było pokierowanie odpowiednimi pracami przygotowawczymi. Utworzono Komisję Statutową, która po półrocznej, ciężkiej pracy przedstawiła w Szczecinie statut pierwszemu Walnemu Zgromadzeniu Delegatów Polskiego Towarzystwa Farmakologicznego, w którym uczestniczyło 156 członków-założycieli. Określono na nim pierwsze cele i zadania.

W skład pierwszego Prezydium Zarządu Głównego Towarzystwa weszli:

• przewodniczący: prof. dr Piotr Kubikowski
• wiceprzewodniaczący: prof. dr Józef Hano, doc. dr Tadeusz Chruściel
• sekretarz: doc. dr Zbigniew Szreniawski
• skarbnik: doc. Jan Venulet
• członkowie: prof. dr Józef Jeske, doc. dr Andrzej Danysz

Powołano także Główną Komisje Rewizyjną, której przewodniczącym został prof. dr Jan Karol Teuchmann.
W skład Zarządu Głównego Prezydium obok Zarządu weszli także przewodniczący poszczególnych oddziałów. Taka struktura władz Towarzystwa została zachowana po dzień dzisiejszy.
W miarę istnienia Towarzystwa zmieniała się także liczba członków, która od 1977 roku utrzymywała się na poziomie 400-500 członków, obecnie liczba ta przekracza 200 osób.

Od czasu powstania Towarzystwa przyznano 25 tytułów Członków Honorowych Polskiego Towarzystwa Farmakologicznego osobom szczególnie zasłużonym w dziedzinie farmakologii, toksykologii lub nauk pokrewnych.

Członkostwo honorowe otrzymali:

• 1973- prof. dr Piotr Kubikowski (Polska), prof. dr J.R. Vane (Anglia), prof. dr W.S. Aniczkow (ZSRR)
• 1975- prof. dr J. Hano (Polska)
• 1977- prof. dr W. Rusiecki (Polska)
• 1980- prof. dr U. Trendelenbrug (RFN), prof. dr J. Knoll (Węgry), prof. dr. S. Garattini (Włochy)
• 1986- prof. dr Jerzy Maj (Polska)
• 1995- prof dr M. Wilimowski (Polska)
• 1998- prof. M. Göthert (Niemcy), prof. Zdzisław Kleinrok (Polska)
• 2001- prof. Richard Kostrzewa (USA) prof. A. Danysz (Polska)
• 2004- prof. A. Chodera (Polska), prof. L. Samochowiec (Polska)
• 2007- prof. dr S. Rump (Polska), prof dr Z. Herman (Polska)
• 2010- prof. Ryszard Brus (Polska), prof. Edmund Przegaliński (Polska)
• 2013- prof. Andrzej Członkowski (Polska), prof. Marek Kowalczyk (Polska), prof. Trevor Archer (Szwecja)
• 2019- prof. Stanisław Jerzy Czuczwar (Polska), prof. Waldemar Janiec (Polska)
• 2023- prof. Henryk Trzeciak (Polska)
  

Źródło: Historia Farmakologii w Polsce pod red. prof. dr hab. med. Andrzeja Danysza

Z chwilą powołania PTF rozpoczęło swoją działalność 10 oddziałów Towarzystwa.

W ciągu 50 lat zorganizowano 20 Zjazdów Polskiego Towarzystwa Farmakologicznego połączonych z międzynarodowymi kongresami farmakologicznymi.
Na początku organizowane one były co dwa lata, a od 1977 co trzy lata.

Przewodniczącymi Polskiego Towarzystwa Farmakologicznego byli:

• prof. Piotr Kubikowski (1965-1967),
• prof. Józef Hano (1967-1969),
• prof. Tadeusz Garbuliński (1969-1971),
• prof. Andrzej Danysz (1971-1973),
• prof. Jerzy Maj (1973-1975),
• prof. Zdzisław Kleinrok (1975-1977),
• prof. Marian Wilimowski (1977-1980),
• prof. Alfons Chodera (1980-1983),
• prof. Edmund Przegaliński (1983-1986),
• prof. Zdzisław Herman (1986-1989),
• prof. Sławomir Rump (1989-1992),
• prof. Wojciech Kostowski (1992-1995),
• prof. Włodzimierz Buczko(1995-1998),
• prof. Henryk Trzeciak (1998-2001),
• prof. Ryszard Brus (2001-2004),
• prof. Marek Kowalczyk (2004-2007),
• prof. Stanisław Jerzy Czuczwar (2007-2010),
• prof. Władysław Lasoń (2010-2013).
• prof. Marek Droździk (2013-2016)
• prof. Magdalena Bujalska- Zadrożny (2016-2019)
• prof. Tomasz Kocki (2019-2022)
• prof. Tomasz Kocki (2022-2025)